主角是一名高中生少年。 某日，在一个奇妙的梦境中，他面临一个抉择，他将决定是否要救助某个被封印的少女。 这一抉择，将故事分为两个篇章。 在“创世女神篇”中，玩家可游玩《真·女神转生Ⅴ》中的故事。少年将被卷入天使与恶魔的战争，并投身于赌上世界未来的战斗。 在“复仇女神篇”中，玩家可体验受压迫者们的复仇记。少年将在化为一片沙漠的东京邂逅某个少女，与她一起向这个世界的谜团发起挑战。