《大航海时代3》中提供两位历史上的著名航海家供玩者选择去扮演，此外《大航海时代3》亦加入了人物创造的功能，玩者可以在游戏中扮演自己创造的人物。跟其它「大航海时代」系列游戏比较，《大航海时代3》的创意算不少。此外游戏没有固定的剧情及路线，不过无论玩者如何选择，最终目标仍是追寻「麦哲伦」的宏志：成为世界第一个环绕地球一周的航海家。除此之外，所有的拓展与故事玩者皆可以任意发挥，自由度可以说是相当地高。