《噩梦运输船3》的背景设定在2249年，人类由于过度开采自然资源处于濒临灭绝的边缘，唯一的希望就是寻找其他星球的资源。来自联合探索组织(United Exploration Corporation)的两个主要力量负责向外太空发射探测器寻找新的能源资源。在距第一颗探测器发射60年之后，人们发现了一颗名叫Argos 9的星球，并探知它的地表下蕴藏着一种具有特殊性质的金属。